Ernst Niekisch började sitt yrkesverksamma liv som skollärare och anslöt sig till det tyska socialdemokratiska partiet revolutionsåret 1917. Under 1920-talet började han vända sig mot marxismens tro på en internationell socialism och försökte i stället bygga en bro mellan den tyska arbetarrörelsen och den icke-reaktionära och anti-liberala högern. Han inspirerades av Oswald Spenglers stridsskrift Preussentum und Sozialismus från 1921 där Spengler betonar de preussiska dygderna plikt, ordning och rättvisa (att jämföra med den franska revolutionens slagord om frihet, jämlikhet och broderskap).
Niekisch uteslöts ur socialdemokraterna 1926 och verkade därefter fram till 1934 som nationalrevolutionär skribent och utgivare av tidskriften Widerstand. Han var tidvis även redaktör på tidningen Volksstaat. Niekisch myntade begreppet ”Sparta-Potsdam-Moskva” och i preussisk anda förespråkade han (likt senare Gerhard Schröder) en utrikespolitisk orientering österut. Hans antivästliga inställning utövade inflytande på politiker som Gregor Strasser. Strasser mördades sommaren 1934 på order av Hitler, men Niekisch lyckades överleva De långa knivarnas natt, detta trots att han redan 1932 givit ut skriften Hitler – ein deutsches Verhängnis i vilken han varnar för ett nazistiskt maktövertagande. 1937 greps han dock av Gestapo och efter två år i häkte dömdes han till livstids fängelse.
1945 frisläpptes Ernst Niekisch av Röda armén, men han var då en fysiskt bruten man, delvis förlamad och blind som ett resultat av sin tid i fängelse. Han bosatte sig i Berlin och valdes 1949 till ledamot av den Tyska demokratiska republikens första kammare. Efter att DDR-staten krossat det stora arbetarupproret 1953 lämnade han desillusionerad sina politiska uppdrag. Niekisch flyttade till västra Berlin där han dog 1967.